日本警察の要所・警視庁本部内で、前代未聞の人質籠城事件が発生した！人質は、田丸警視総監、長谷川副総監をはじめとした各部の部長ら幹部12名。現場となった会議室は機動隊と特殊捜査班SITによって完全に包囲されるが、犯人の動機は不明。要求もないまま、いたずらに時間が過ぎていくのだった。
いち早く事件に気づいたのは、偶然にも犯人の男と遭遇した神戸尊とその連絡を受けた杉下右京。右京は会議室内の様子を把握することが肝心と、鑑識の米沢守や元特命係の陣川公平の協力を得て、誰も予想しなかった奇策に出た。
内村刑事部長ら幹部たちが囚われているため、実質的トップの立場になった中園参事官が捜査本部の指揮をとることになったが、一向に進展しない事態に、捜査一課の伊丹憲一、三浦信輔、芹沢慶二らは苛立ちを募らせるばかり。と、そこに右京が持ってきた情報によって、籠城犯が元警視庁刑事の八重樫哲也だと判明。にもかかわらず捜査の外に追いやられてしまう特命係の2人だったが、籠城前に尊が八重樫から助け出した女性が総務部装備課の朝比奈圭子だとつきとめた。
そんな時、緊迫する会議室内から2発の銃声が響いた！右京の強固な反対にも関わらず、中園らの指示で強行突入したSITと機動隊員たちが発見したのは何者かに撃たれて絶命している八重樫だった。無事に保護された人質全員には薬残渣があり、発砲犯は特定できない…。開放と同時に、12名の幹部たちは容疑者となってしまった。大河内監察官の事情聴取に12名は「もみあっている最中に拳銃が発射されたため、誰が撃ったのかはまったくわからない」と曖昧な証言をし、八重樫からの要求については、皆が一様に口を閉ざすことに疑問を持った右京と尊は、角田課長らの協力を得て、独自に幹部たちへの聞き込みをはじめる。
一方、事件の報告を受けた警察庁幹部の小野田官房室長は、金子警察庁長官とともに、不穏な動きを見せ始めていた…。
徐々に明らかになってくる事実。それは、八重樫や圭子が関わっていた過去の大きな事件に関する、衝撃の真相だった！
