スパイが主人公のテレビドラマに影響（えいきょう）され、すっかりその気になったのび太。スパイになれるひみつ道具がほしいと言われたドラえもんは、ポケットから『スパイ作戦ごっこセット』を取り出す。さっそく開けようとするのび太を制するドラえもん。なんと、ムリに開けようとすると、爆発（ばくはつ）するというのだ。
まず、ドラえもんが「のび太くんに依頼。どら焼きを取ってきてほしい」と書いた紙を、ケースの投入口に入れたところ、ケースのスパイマークが光って消え、ひとりでにケースが開く。中から飛び出てきたインカムを頭に付けたところ、のび太が着ていた服がボディスーツに変わったからビックリ！ そして、「恐怖ノ女王ガ支配スル要塞（ようさい）カラ 幻ノスイーツヲ奪取（だっしゅ）セヨ」という指令が発令され、部屋の中がそのまま石造りになったかのような映像が映し出される。
“ナマケモノ”というコードネームを与えられたのび太は、さっそく指令を実行するため、様子をうかがいながら台所へと向かうが…!?
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